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探針設(shè)計(jì)的原則具體指什么
點(diǎn)擊次數(shù):438 更新時(shí)間:2024-05-20

探針設(shè)計(jì)的原則具體體現(xiàn)如下:

1. 先選擇好探針,然后設(shè)計(jì)引物使其盡可能的靠近探針。

2. 所選序列應(yīng)該高度特異,盡量選擇具有最小二級(jí)結(jié)構(gòu)的擴(kuò)增片段——這是因?yàn)槎?jí)結(jié)構(gòu)會(huì)影響反應(yīng)效率,而且還會(huì)阻礙酶的擴(kuò)增。建議先進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)檢測(cè),如果不能避免二級(jí)結(jié)構(gòu),那么就要相應(yīng)提高退火溫度。

3. 擴(kuò)增長(zhǎng)度應(yīng)不超過(guò)400bp,理想的擴(kuò)增長(zhǎng)度在100-150bp內(nèi),擴(kuò)增片段越短,有效的擴(kuò)增反應(yīng)就越容易獲得。較短的擴(kuò)增片段也容易保證分析的一致性。

4. 保持GC含量在20%和80%之間,GC富含區(qū)容易產(chǎn)生非特異反應(yīng),從而會(huì)導(dǎo)致擴(kuò)增效率的降低,以及出現(xiàn)在熒光染料分析中非特異信號(hào)。

5. 為了保證效率和重復(fù)性,應(yīng)避免重復(fù)的核苷酸序列,尤其是G(不能有4個(gè)連續(xù)的G) 。

6. 將引物和探針互相進(jìn)行配對(duì)檢測(cè),以避免二聚體和發(fā)卡結(jié)構(gòu)的形成。

在原理上與引物設(shè)計(jì)是比較類似的。只是因?yàn)樘结樞蛄幸笃ヅ涠群芨撸詫?duì)于探針的GC含量和Tm值都是有嚴(yán)格要求的,而且還要考慮到與上下游引物相匹配。假如你手頭已經(jīng)有了染料法的引物,然后想仍然使用這一對(duì)引物、在這一對(duì)引物對(duì)應(yīng)的序列中間選一段作為探針可以嗎?我們不建議這么做。因?yàn)槟銌为?dú)設(shè)計(jì)的上下游引物沒(méi)問(wèn)題,單獨(dú)設(shè)計(jì)的探針看起來(lái)也沒(méi)問(wèn)題,但把引物與探針?lè)旁谝黄?,就有可能出現(xiàn)參數(shù)不兼容的問(wèn)題。所以還是三者放在一起設(shè)計(jì)才好。


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